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吉首大学创办于1958年9月，是办在湘鄂渝黔四省（市）边区的具有地方性、民族性的湖南省属综合性大学，由吉首校区和张家界校区组成，本部在湘西土家族苗族自治州首府——吉首市。
1960年，湖南高校调整，学校保留校名，改为师专。1978年8月，学校升格为省属综合性大学，1979年招收本科学生。2000年8月，吉首卫生学校并入吉首大学。2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。2003年，学校获得硕士学位授予权。2006年6月，湘西州人民医院并入吉首大学。2006年学校本科教学工作水平评估获得优秀。
吉首大学占地119万平方米，校舍41万平方米，教学科研仪器设备总值11768万元，图书资料156万册。现有专任教师873人，其中高级职称437人（含正高职称98人），专任教师中具有博士、硕士学位的占教师总数的42%。现有本科专业45个，硕士点19个，涵盖除军事学以外的11大学科门类，省级重点专业8个，省级重点学科3个，省部级重点研究基地5个，国家级实验室示范中心1个，省级重点实验室1个。
吉首大学面向全国28个省（市）、自治区招生。现有各类在籍学生20000余人，其中全日制本专科学生13000余人，硕士研究生299人，成人教育本专科学生6500余人。办学49年来，学校共培养各类高级专门人才50000余名，其中30000余名毕业生扎根在湖南西部民族贫困地区。近5年学生参加各类竞赛共获国家级奖项50余项，省部级奖项120余项。毕业生就业率保持在93％以上。
“十五”间，学校承担各级各类科研课题440项，其中国家自科基金、社科基金课题31项，获省部级科技成果奖30项。成果转化的经济和社会效益显著。美味猕猴桃“米良1号”被国务院扶贫办列为扶贫开发项目，在全国16个省（市）推广栽种，仅湘西自治州种植面积就达10万余亩。从猕猴桃中提取的“果王素”经鉴定“达到国内领先水平，填补国际空白”，猕猴桃研究成果的产业化帮助湘西近10万农民摆脱贫困。湘西矿产资源和植物资源的研究成果已经孵化出近10家高新技术企业。湘西民族历史、文化研究带动了湘西旅游产业的蓬勃发展。区域经济及开发模式研究多项成果被各级政府和企业采纳。
长期以来，学校坚持社会主义办学方向，加强精神文明建设，取得显著成效。学校先后获得“湖南省文明单位”“湖南省优秀事业法人单位”“湖南省依法治校先进单位”“全国精神文明建设先进单位”“全国民族团结进步模范集体”“全国绿化模范单位”“全国高校后勤工作先进集体”等荣誉称号。
近些年来，党和国家领导人朱镕基、曾庆红、尉建行、曾培炎、陈至立、杨汝岱、罗豪才等及教育部领导周济、周远清、张保庆、柳斌、赵沁平、陈小娅等先后来校视察指导工作。朱镕基总理称赞“吉首大学是湖南的骄傲”，曾庆红副主席充分肯定“吉首大学具有特殊价值”。湖南省委、省政府领导视察学校时动情地说“如果不办吉首大学，湘西会更落后；吉首大学解决了省委、省政府的西顾之忧”。湘西州委、州政府领导说“湘西州的发展离不开吉首大学”。
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